PGR21.com
- PGR21 관련된 질문 및 건의는 [건의 게시판]을 이용바랍니다.
- (2013년 3월 이전) 오래된 질문글은 [이전 질문 게시판]에 있습니다.
통합 규정을 준수해 주십시오. (2015.12.25.)
Date 2024/01/09 12:16:04
Name 해바라기
Subject [질문] 파이썬 패키지 구동을 위한 그래픽카드 추천 부탁드립니다.
안녕하세요 피식인 여러분.
저는 R과 파이썬을 가지고 여러 데이터셋들을 다뤄보고 있는 생물정보학 입문자입니다.

제가 돌려보려고 하는 패키지에 GPU가 요구됩니다.
(Run remove-background on the dataset using the following command (leave out the flag --cuda if you are not using a GPU… but you should use a GPU!): (출처: https://cellbender.readthedocs.io/en/latest/usage/index.html)

애초에 살 때 CPU만 높였지 그래픽카드는 안 사서 이제 장착해야 하는데,
가격이 꽤나 부담되네요......
제가 전문적으로 생물정보학을 하지는 않을 것 같은데...

이 패키지에서 요구하는 것은 NVIDIA Testla T4 정도 인것 같습니다.
(Processing the full untrimmed dataset requires a CUDA-enabled GPU (e.g. NVIDIA Testla T4) and takes about 30 minutes to finish.)
가격이 후덜덜하네요...ㅠ

혹시 조금 더 저렴한 형태의 GPU는 없을지... 궁금합니다.
(이 패키지 말고 다른 패키지는 잘 돌아가거든요)

현재 사용 중인 컴퓨터 사양은 이렇습니다.
[AMD] 라이젠9 라파엘 7900X (12코어/24스레드/4.7GHz/쿨러미포함/대리점정품)
[GIGABYTE] B650M AORUS ELITE 제이씨현 (AMD B650/M-ATX)
[삼성전자] 삼성 DDR5 32GB PC5-38400 x 4
[삼성전자] 공식인증 970 EVO Plus series 2TB M.2 NVMe 2TB MZ-V7S2T0BW x 2
[FSP] HYDRO G PRO 850W 80PLUS Gold Full Modular ATX 3.0 (PCIE5) (ATX/850W)
[NZXT] KRAKEN X73 [CPU쿨러]
[SEAGATE] BARRACUDA HDD 8TB ST8000DM004|8TB ST8000DM004 (3.5HDD/ SATA3/ 5400rpm/ 256MB/ SMR+MTC) x 2
[잘만] i3 NEO (미들타워)
[컴퓨존] 수랭쿨러 추가 조립비 (조립PC에 수랭쿨러 탑재 시 필수)

생각하는 예산은... NVIDIA Testla T4 보다는 좀 저렴한 것.... 입니다.

잘 부탁드립니다.
새해 복 많이 받으세요!

통합규정 1.3 이용안내 인용

"Pgr은 '명문화된 삭제규정'이 반드시 필요하지 않은 분을 환영합니다.
법 없이도 사는 사람, 남에게 상처를 주지 않으면서 같이 이야기 나눌 수 있는 분이면 좋겠습니다."
덴드로븀
24/01/09 12:32
수정 아이콘
해당 문서에 보면 cuda 쓰는것 같은데 그냥 예산에 맞는 CUDA 코어가 많은 RTX 버전을 사면 되지 않을까 싶긴 합니다.

T4 cuda코어가 2,560 개로 나오고

80만원대 RTX 4070 cuda코어는 5888개입니다.
해바라기
24/01/09 13:17
수정 아이콘
감사합니다! 참고해서 구매해보겠습니다!
성야무인
24/01/09 12:54
수정 아이콘
정확히 용도가 어떤건가요?

Human Cel인가요? 아니면 Human 제외한 Mammalian Cell인가요

RNA긴 헌데 Plasmid DNA쪽의 transcription RNA인가요?

아니면 chromosomal DNA의 transcription RNA인가요?

그것도 아니면 둘다거나 reverse transcription에 대한 single cell내 RNA를 찾기 위함인가요?

단순히 reverse transcription관련이면 굳이 좋은 그래픽 카드를 살 필요는 없구요.

Single Cell내에 RNA에 대한 모든걸 분석하겠다고 한다면야 좋은 걸 쓰는게 맞겠죠.

그전에 Cellblender랑 NIH BLAST랑 연동해서 쓰실건지요?

전문적이 아니고 분석량이 적으면 지금사양에도 충분하긴 하겠지만

(물론 세포의 종류 및 유래한 세포가 복잡한 구조가 아니라면 또 달라지겠지만)

뭘 하실건지 정확히 방향을 잡고 계시지 않으면 괜시리 돈만 낭비할 수도 있습니다.
해바라기
24/01/09 13:17
수정 아이콘
전문자 분이시라서 역시 질문이 다르네요 덜덜
제 목표는 human/mouse에서 single nucleus RNA-seq 데이터를 가공하는 것입니다.
이미 CellRanger로 annotation된 Feature-Barcode Matrix 파일을 사용할 것이구요. (fastq 파일을 직접 가공하지는 않을 생각입니다)
Raw matrix 파일을 가공할 것이고, 최대 세포(핵) 숫자는 20~30만개 정도가 될 예정입니다.
NIH BLAST랑 연동하거나 DNA 정보를 사용하지는 않을 예정이구요.
완전히 RNA만 볼 예정입니다.
CellBender 패키지가 raw matrix에서 ambient RNA를 잡아주는 패키지인데, 이것만 사용할 생각입니다.
(다시 말해 CellBender 하나 쓰려고 이만한 돈을 투자하기는 아깝다.... 라는게 제 생각인거죠 흑흑)
성야무인
24/01/09 13:57
수정 아이콘
아마 참고가 될지는 모르겠지만

single nucleus RNA-seq의 경우 어떤 상태였느냐에 따라서도 상당부분 달라질 수 있습니다.

일단 sc-RNA의 경우 복제, 분화 그리고 세포외 단순 호르몬 작용에 의한 molecular signaling pathway에 따라서

chromosome puffing에 의해 특정 단백질에 생성에 연계해서

실제 RNA의 expression에 대한 양적 변화 때문에 분석해야 하는 숫자가 달라질 수 있습니다.

만약에 정말 20-30만개 세포의 proliferation factor를 볼려고 RNA를 분석한다면

이게 분석하는 동안 세포 숫자가 늘어날 수도 있어서 마지막에 분석하는 세포의 숫자가 2배 이상도 될 수 있습니다.
덴드로븀
24/01/09 13:20
수정 아이콘
교수님...무서워요...
봉그리
24/01/09 14:47
수정 아이콘
속도만 보면 rtx 3060에게도 50% 느릴 정도로 구형이지만 VRAM 16G는 무시못할 장점이겠네요.
해바라기
24/01/09 21:54
수정 아이콘
감사합니다!
Blooming
24/01/09 16:29
수정 아이콘
Testla T4를 최저예산으로 커버하려면 4060 TI 16GB 정도면 될것 같은데요.
해바라기
24/01/09 21:55
수정 아이콘
감사합니다!
추천해주신 품목을 살 것 같네요. 감사합니다!
BlueTypoon
24/01/09 19:46
수정 아이콘
해당 분야는 모르지만 보통 cuda에서는 속도, 드라이버, vram 영향이 큰데 드라이버는 옛 gpu만 아니면 상관없고 속도도 감수하면 되는데 vram은 부족하면 아예 안돌아갑니다. Vram 사용량 확인이 가능하다면 그 사양으로 견적내면 될 것 같아요.
해바라기
24/01/09 21:55
수정 아이콘
VRAM 잘 체크해서 사보려구합니다.
감사합니다!
여의도더현대
24/01/10 07:35
수정 아이콘
vram만 체크하시면 되요. 부담되시면 colab쓰세요. 저도 후배들에게 무리해서 컴퓨터 맞추지말고 colab잠깐 쓰고 나오라고 얘기합니다. aws쿠폰 있으시면 aws도 쓰시구요 흐흐.. 좋은 논문 쓰시길
여의도더현대
24/01/10 07:36
수정 아이콘
아. 저는 rtx4090 이랑 rtx4070 둘다 가지고 있습니다. (자랑)
목록 삭게로! 맨위로
번호 제목 이름 날짜 조회
174386 [질문] 네이버 라이브 스트리밍 무한설치현상 겪으시는분 계신가요? [5] lasd2416538 24/01/09 6538
174385 [질문] HP 오멘 16 슬림 u0037TX (SSD 1TB) 어떨까요? [7] TheMoon5864 24/01/09 5864
174384 [질문] [스타1] 아주아주 오래된 영상을 찾고있습니다. 인텔삼성전자배 4대통신 최강전 [2] 그게말이야방구야6061 24/01/09 6061
174383 [질문] 한국의 전세제도는 다른 선진국에서 왜 하지 않나요? [40] 보리야밥먹자8471 24/01/09 8471
174382 [질문] 파이썬 패키지 구동을 위한 그래픽카드 추천 부탁드립니다. [14] 해바라기5970 24/01/09 5970
174381 [질문] 첫 만남에 외모가 끌리지 않다가 두번째에 끌릴 수도 있을까요? [47] 철판닭갈비8519 24/01/09 8519
174380 [질문] 태영건설 부도시 태영그룹 회장이 입는 손해가 궁금하네요 [10] flowater7421 24/01/09 7421
174379 [질문] 아는 형님이 이렇게 말하면 어떨 것 같은가요? [27] 짐바르도7688 24/01/09 7688
174378 [질문] 동네의원 해당과목 전문의 여부가 얼마나 중요한가요? [19] 앗흥6635 24/01/09 6635
174377 [질문] 알뜰폰 자주 갈아타면 신용점수를 못올리나요? 쏘쏘쏘5886 24/01/08 5886
174376 [질문] 2월말 3월초 제주도 여행 질문 입니다! [5] 원스6442 24/01/08 6442
174375 [질문] 체코, 헝가리, 오스트리아 여행에서 신용카드 사용? [10] 호비브라운6415 24/01/08 6415
174374 [질문] 유모차나 카시트는 어떤브랜드를 쓰고계시나요? [85] 천우희7223 24/01/08 7223
174371 [질문] 게임하실 때 패드 진동, 중요하게 생각하시나요? [27] 평양냉면8086 24/01/08 8086
174370 [질문] 여자친구 생일선물 추천 부탁드립니다 [11] 유유할때유6873 24/01/08 6873
174369 [질문] 카드번호를 잘못 입력해서 다른사람 카드로 결제되는게 가능한가요? [7] 쌍둥이아빠6601 24/01/08 6601
174368 [질문] 게임용 컴퓨터 견적 문의드립니다. [4] 하임5906 24/01/08 5906
174367 [질문] 스탠바이미 쓰시는분? (스탠바이미고x) [14] Grundia6351 24/01/08 6351
174366 [질문] 개발PC 견적 문의 드립니다. [6] 황신강림6719 24/01/08 6719
174364 [질문] 소개팅 하는 분과 당일치기로 목요일 근교 여행을 가려고 합니다. [39] 의문의남자7732 24/01/08 7732
174363 [질문] 종이신문 보고 싶은데요 [9] 이리세5810 24/01/08 5810
174362 [질문] 다리뼈가 갑자기 아파요ㅠㅠ [11] 하리네6058 24/01/08 6058
174361 [질문] 대출 질문 입니다. [9] 하이킹베어5951 24/01/08 5951
목록 이전 다음
댓글

+ : 최근 1시간내에 달린 댓글
+ : 최근 2시간내에 달린 댓글
맨 위로